南京市智能物流运输与配送工程技术研究中心的研究开发和工程化方向主要包括智能物流系统相关理论与方法、智能物流信息技术、智能物流设施装备和智能物流行业应用，通过基础理论与关键技术的深入融合，积极开展产学研合作，推动智能物流系统相关成果应用转化产业化进程，与相关企业合作实施研究成果的应用和示范工作。